唐高祖听后大怒,托言他事以亲笔诏书召李建成前来仁智宫。李建成见手诏后,因心怀鬼胎而恐惧万分,不敢应召前往。太子舍人徐师谟劝其据城起兵,詹事主簿赵弘智劝其轻车简从,前往认罪。李建成听从赵弘智的劝告,率十余骑兵到达仁智宫,向唐高祖叩头认罪,高祖怒气未消,夜间“饲以麦饭”,令人将李建成看守起来。
同时,派司农卿宇文颖急驰召杨文干来仁智宫。宇文颖到达庆州后以实情相告,杨文干于是起兵造反,高祖派左武卫将军钱九陇与灵州都督杨师道率兵进击。
唐高祖派李世民向往讨伐,说道: “文干事连建成,恐应之者众,汝宜自行,还,立汝为太子。吾不能效隋文帝自诛其子,当封建成为蜀王。蜀兵脆弱,他日苟能事汝,汝宜全之;不能事汝,汝取之易耳!"李世民讨伐杨文干时,嫔妃们以及封德彝为李建成说情,高祖又改变了另立太子的主意,只是责怪李建成不应该“兄弟不睦”,归罪于太子中丞王珪、左卫率韦挺、天策兵曹参军杜淹,将他们一并流放到隽州,此事便不了了之。