第二，行政主导土地交易定价权。目前，我国尚未建立完备的土地交易市场，农民在土地征收和土地流转中由于信息上的不对称而导致对行情不了解，从而处于定价发言的劣势地位甚至不存在任何发言权，这种情况本身就不能形成公平的定价机制。而且事实上基于掌握在乡政府或村级干部手中的土地交易决策权而形成的土地财政，其本身即暗含侵犯农民权益的道德风险。通过行政干预的手段压低土地交易价格侵犯了农民的自主定价权，更直接损害了农民的土地财产权益。学者的调研结果也表明：“农村土地承包经营权流转过程中，价格一般是由集体组织与农民个人或其他经营主体协商达成的。”[27]
行政权的干预并非个案，农民土地流转的自主权受到行政干预的现象几乎遍布全国各省市：河南省周口市扶沟县练寺镇为形成规模效益的“高效农业经营”，在以陶村为中心的3个村划出1000亩连片耕地租给外资农企进行花卉种植[28]；湖北省2006年对9个县（市）的40个村200户农户的实地调研显示，19.7%的农户反映参与农村土地流转是服从村里安排[29]。类似现象不胜枚举，笔者在调研中也发现了类似问题。10多年前就有学者指出，中国“农地制度中最大问题是，代表农民管理集体土地的管理者违背了委托者的意愿，即权力对权利构成现实和潜在的威胁，这是中国农地问题的总根源”[30]。今天，这一问题在实践中仍不鲜见，甚至可以说政府过度干预农村土地流转的触角无处不在。